2012年4月，市政府常务会议提出，由宿迁市教育投资管理有限公司、宿迁市湖滨新城城市投资公司和江苏运河文化城投资开发有限公司共同投资，在湖滨新区新建一所民办性质的初中学制的市钟吾国际学校。
2012年6月，宿迁市钟吾国际学校招收第一届学生，并借用宿迁市钟吾初级中学校舍上课。
2012年7月，宿迁市钟吾国际学校开工建设。
2013年5月，宿迁市民政局批复，准予宿迁市钟吾国际学校注册登记。
2013年8月，宿迁市钟吾国际学校建成并交付使用。学校占地180亩，建筑面积7.8万平方米。学校工作由市教育局直接管理。
2015年6月，宿迁市钟吾国际学校资产移交给宿迁市城市建设投资（集团）有限公司，市城投公司负责学校固定资产的购置、管理及核销。学校的人事、教育教学管理与指导等各项工作仍由市教育局直接管理。